El edificio se halla inscrito dentro de un cubo a partir del que se van sacando las restantes proporciones. La construcción es la tradicional en la época barroca de la primera mitad del Siglo XVIII, a base de pilares, arcos y bóvedas que van trasmitiendo las cargas al exterior. Las paredes están hechas a base de mampostería asentada sobre mortero de cal y arena y verdugadas de cuatro líneas de ladrillo macizo así como los marcos, esquinas, molduras y contrafuertes. Se preveía que estas paredes fuesen enlucidas con mortero de cal y arena y posteriormente pintadas y decoradas, pero solamente la cúpula y la fachada principal con el campanario pudieron ser rematadas en la fase principal de la obra. A principios del presente siglo, la Iglesia de Alfafar se encontraba considerablemente deteriorada como consecuencia de guerras, saqueos y sobre todo por las inclemencias del tiempo. Diversos rayos habían dañado el campanario y la fachada principal presentaba desconchados y pináculos rotos. Entre los años 1915 y 1917, aprovechando la buena coyuntura económica que vive el país, se inicia la restauración de la torre y la fachada con una subvención pública de la Diputación de 2000 pesetas, propiciada por el diputado y senador por la comarca Don José Valldecabres. La fachada se pica y vuelve a enlucir totalmente con una falsa distribución de sillares que todavía perdura. Al campanario se le añaden pequeños retoques modernistas y se le cambian la mayor parte de los pináculos. Finalmente se pinta en los colores pastel a la moda de la época.
La Guerra Civil de 1936-39 supuso la mayor catástrofe para el edificio desde su construcción. El interior del templo fue incendiado y acabo convirtiéndose en mercado y, posteriormente, en teatro.
La restauración, que comienza al año siguiente de acabada la guerra, es llevada a término por la iniciativa particular bajo el rectorado de Don Fermín Vilar Taverner, que rigió la parroquia durante 37 años. Se pican las paredes de yeso quemadas y maltratadas durante el período de la guerra y se vuelven a enlucir reponiendo las molduras, capiteles, cornisas, adornos, etc., no siempre con acierto y conocimiento de la situación anterior a la destrucción. Se coloca un pavimento nuevo de baldosa hidráulica y se pinta el interior con colores fuertes y estridentes que quieren simular mármoles y dorados de aspecto neomodernista, que ya nada tienen que ver con la concepción original barroca, caracterizada por el yeso desnudo y los filetes grises que contornean las molduras. Poco a poco se van colocando nuevos altares y retablos de yeso o madera en las capillas laterales y finalmente se construye el grandioso altar mayor de mármoles diversos y bronce que alberga la imagen de Nuestra Señora del Do, patrona de Alfafar, cincelado por los artesanos Manuel Peris Ferrer, marmolista de Alboraia y por Antonio Piró, orfebre de Valencia, todo él a imitación del altar mayor del Monasterio San Miguel de los Reyes de Valencia.
La reconstrucción del templo supuso un enorme esfuerzo del pueblo de Alfafar en una época de penuria como fue la posguerra, con pocos dineros y medios técnicos y escaso asesoramiento profesional. A pesar de todo podemos hablar, hoy en día, de un trabajo digno y generalmente acertado, conforme con el celo puesto por todo el vecindario.
Las reformas litúrgicas posconciliares hicieron tambalear la buena marcha emprendida después de la guerra, introduciendo innovaciones desafortunadas y poco respetuosas con el patrimonio mueble e inmueble de la Iglesia, como fueron en el caso de Alfafar la sustitución de la mesa del altar, la supresión del manifestador y barandillas del presbiterio, por citar algún ejemplo. Se pretendía darle a la iglesia un aire moderno y renovado que no casaba con la imagen tradicional de un templo del Siglo XVIII.
A partir de la década de los 60 se entra en un período de transformación industrial y económica del país en el que, en cierta forma, se olvidan las tareas de reforma y protección de los templos. Este abandono se evidencia en la Iglesia Parroquial de Alfafar, sobre todo, en el progresivo deterioro de su fachada principal y de la torre del campanario.
El progresivo deterioro del edificio hace necesario que en el año 1993 se acometa su restauración, fruto de la cual, la Iglesia adquiría su actual aspecto, comenzando por la torre del campanario y, posteriormente, continuando con la fachada principal. La restauración no se limitó tan solo a solucionar los problemas de seguridad que planteaban los posibles desprendimientos de cornisas o de la propia veleta. Su objetivo, se centró, además, en devolver al edificio su antiguo esplendor barroco.